É bem conhecido que a mesquita foi construída sobre o túmulo de Lady Zainab bint Ali bin Abi Talib e a irmã de Hassan e Hussein. Alguns historiadores dizem que Zainab partiu para o Egito alguns meses após a Batalha de Karbala e ficou lá por 9 meses, depois morreu e foi enterrada onde está a cena agora. É o santuário de Sayyida Zainab bint Ali bin Abi Talib e é considerado por muitos como um dos santuários islâmicos mais importantes do Egito.
Não se sabe exatamente quando a mesquita foi construída em cima do túmulo de Sayyida Zainab. As referências históricas apenas mencionam que o governador otomano do Egito, Ali Pasha, renovou a mesquita em 951 AH / 1547 dC e depois a renovou novamente, o príncipe Abd al-Rahman Katkhuda em 1171 AH / 1768 dC, e em 1940 dC. O Ministério de Awqaf demoliu completamente a antiga mesquita e construiu a mesquita existente, de modo que a mesquita não está registrada como monumento islâmico. A mesquita naquela época consistia em sete corredores paralelos à parede qibla, no meio dos quais há um pátio quadrado coberto com uma cúpula, e no lado oposto da parede qibla está o mausoléu de Sayyida Zainab, que Deus esteja satisfeito com ela, cercada por uma cerca de latão e encimada por uma cúpula alta. Em 1969, o Ministério de Awqaf dobrou a área da mesquita.
A mesquita ocupa um grande lugar no coração dos egípcios, e muitos, especialmente aqueles que vivem em regiões distantes do Cairo, consideram visitá-la uma honra e uma bênção que eles pedem a Deus para obter. A mesquita é considerada um centro das ordens sufis e seus seguidores. E todos os anos no mês de Rajab, é realizado o nascimento de Sayyida Zainab. Milhares de pessoas se aglomeram na Praça Sayyida Zainab e celebrações são realizadas, e a forma da área muda completamente por alguns dias.
A Mesquita Sayyida Zainab foi mencionada no romance do famoso romancista egípcio Yahya Haqqi "The Qandeel Umm Hashem". E “Um Hashem” é o apelido de Sayyida Zainab bint Ali bin Abi Talib. O romance nos fala sobre um jovem rural que, quando jovem, e sua família rural vieram para o Cairo e moravam perto de Mashhad al-Sayida. O eixo do romance gira em torno das formas de tratamento das doenças oculares entre as pessoas do bairro, a maioria delas tratadas com óleo de água-viva que era aceso dentro do cenário e acima do túmulo da senhora. A narração tem muitos significados, mas esclarece o status dessa mesquita para que ela tenha sido abençoada com óleo.