Es bien sabido que la mezquita está construida sobre la tumba de Lady Zainab bint Ali bin Abi Talib y la hermana de Hassan y Hussein. Algunos historiadores dicen que Zainab se fue a Egipto unos meses después de la Batalla de Karbala y se quedó allí durante 9 meses, luego murió y fue enterrada donde está ahora la escena. Es el santuario de Sayyida Zainab bint Ali bin Abi Talib y muchos lo consideran uno de los santuarios islámicos más importantes de Egipto.
No se sabe exactamente cuándo se construyó la mezquita sobre la tumba de Sayyida Zainab. Las referencias históricas solo mencionan que el gobernador otomano de Egipto, Ali Pasha, renovó la mezquita en 951 AH / 1547 d. C. y luego la renovó nuevamente, el príncipe Abd al-Rahman Katkhuda en 1171 AH / 1768 d. C., y en 1940 d. El Ministerio de Awqaf demolió por completo la antigua mezquita y construyó la mezquita existente, por lo que la mezquita no está registrada como monumento islámico. La mezquita en ese momento constaba de siete corredores paralelos al muro de la qibla, en medio de los cuales hay un patio cuadrado cubierto con una cúpula, y en el lado opuesto del muro de la qibla está el mausoleo de Sayyida Zainab, que Dios esté complacido con ella, rodeada por una valla de bronce y coronada por una cúpula elevada. En 1969, el Ministerio de Awqaf duplicó el área de la mezquita.
La mezquita ocupa un gran lugar en el corazón de los egipcios, y muchos, especialmente los que viven en regiones alejadas de El Cairo, consideran visitarla un honor y una bendición que piden a Dios que la obtenga. La mezquita se considera un centro de las órdenes sufíes y sus seguidores. Y cada año, en el mes de Rajab, se celebra el nacimiento de Sayyida Zainab. Miles de personas acuden en masa a la plaza Sayyida Zainab y se llevan a cabo celebraciones, y la forma del área cambia por completo durante unos días.
La Mezquita Sayyida Zainab fue mencionada en la novela "El Qandeel Umm Hashem" del famoso novelista egipcio Yahya Haqqi. Y “Um Hashem” es el apodo de Sayyida Zainab bint Ali bin Abi Talib. La novela nos habla de un joven rural que, cuando era joven, y su familia rural llegaron a El Cairo y vivieron cerca de Mashhad al-Sayida. El eje de la novela gira en torno a las formas de tratar las enfermedades de los ojos entre la gente del barrio, la mayoría de ellas eran tratadas con aceite de medusa que se encendía dentro del escenario y encima de la tumba de la dama. La narración tiene muchos significados, pero aclara el estado de esta mezquita para que fueran bendecidas con aceite.