È noto che la moschea è costruita sulla tomba di Lady Zainab bint Ali bin Abi Talib e della sorella di Hassan e Hussein. Alcuni storici affermano che Zainab partì per l'Egitto pochi mesi dopo la battaglia di Karbala e vi rimase per 9 mesi, poi morì e fu sepolta dove si trova ora la scena. È il santuario di Sayyida Zainab bint Ali bin Abi Talib ed è considerato da molti uno dei più importanti santuari islamici in Egitto.
Non si sa esattamente quando la moschea fu costruita sopra la tomba di Sayyida Zainab. I riferimenti storici menzionano solo che il governatore ottomano dell'Egitto, Ali Pasha, ristrutturò la moschea nel 951 AH / 1547 d.C. e poi la rinnovò di nuovo, il principe Abd al-Rahman Katkhuda nel 1171 AH / 1768 d.C. e nel 1940 d.C. Il ministero di Awqaf ha completamente demolito la vecchia moschea e costruito la moschea esistente, quindi la moschea non è registrata come monumento islamico. La moschea a quel tempo era composta da sette corridoi paralleli al muro della qibla, nel mezzo del quale c'è un cortile quadrato coperto da una cupola, e sul lato opposto del muro della qibla c'è il mausoleo di Sayyida Zainab, che Dio sia soddisfatto lei, circondata da un recinto di ottone e sormontata da un'alta cupola. Nel 1969 il Ministero dell'Awqaf raddoppiò l'area della moschea.
La moschea occupa un posto fantastico nel cuore degli egiziani e molti, specialmente quelli che vivono in regioni lontane dal Cairo, considerano visitarla un onore e una benedizione che pregano Dio di ottenere. La moschea è considerata un centro degli ordini sufi e dei loro seguaci. E ogni anno nel mese di Rajab si celebra la nascita di Sayyida Zainab. Migliaia di persone si riversano in piazza Sayyida Zainab e si tengono celebrazioni, e la forma dell'area cambia completamente per alcuni giorni.
La moschea Sayyida Zainab è stata menzionata nel romanzo del famoso romanziere egiziano Yahya Haqqi "The Qandeel Umm Hashem". E "Um Hashem" è il soprannome di Sayyida Zainab bint Ali bin Abi Talib. Il romanzo racconta di un giovane di campagna che, quando era giovane, e la sua famiglia di campagna vennero al Cairo e vissero vicino a Mashhad al-Sayida. L'asse del romanzo ruota attorno ai modi di curare le malattie degli occhi tra le persone del quartiere, la maggior parte di loro sono state curate utilizzando l'olio di medusa che è stato illuminato all'interno della scena e sopra la tomba della signora. La narrazione ha molti significati, ma chiarisce lo stato di questa moschea in modo che fossero benedetti con l'olio.