I riti religiosi continuarono a svolgersi in questa grande moschea, che non fu sospesa fino all'inizio del XVI secolo d.C., a causa della sua vasta area e dell'incapacità dello Stato di spendere per essa, e uno dei risultati di ciò fu che le condizioni della moschea peggiorarono e furono distrutte, così gli Ottomani la trasformarono in un magazzino per le missioni di guerra, come tende, Durante la campagna di Francia, la moschea si trasformò in un castello e in una caserma per i soldati; a quel tempo la moschea era nota come Castello di Sikovsky; all'epoca di Muhammad Ali, la moschea si trasformò in un accampamento per una setta e in una panetteria per le razioni, per poi essere utilizzata come fabbrica di sapone.
Nel 1812, le colonne di marmo della moschea, così come alcune delle sue pietre, furono spostate per costruire il portico di Al-Sharaqwa nella moschea di Al-Azhar, su desiderio dello sceicco Al-Sharqawi, come riportato nel libro "Moschee d'Egitto e i loro giusti guardiani". L'occupazione britannica è stata una panetteria e poi un altare, ed era conosciuta e lo è tuttora come "altare degli inglesi", anche se la macellazione era stata interrotta dal 1915 d.C..
Nel 1918, il Comitato per la conservazione delle antichità arabe prese in consegna la moschea, riparando e restaurando alcune sue parti, soprattutto quella che circonda il mihrab, e facendone una cappella.
Nonostante l'incuria e l'uso improprio di cui sopra, la moschea di Baybars continua ad attirare l'ammirazione degli osservatori per la bellezza della sua architettura e la grandiosità dei suoi edifici, che appaiono a prima vista nel suo ingresso commemorativo e nelle sue iscrizioni in stucco.