Es ist bekannt, dass die Moschee über dem Grab von Lady Zainab bint Ali bin Abi Talib und der Schwester von Hassan und Hussein gebaut wurde. Einige Historiker sagen, dass Zainab einige Monate nach der Schlacht von Karbala nach Ägypten aufbrach und dort neun Monate blieb, dann starb und dort begraben wurde, wo sich heute die Szene befindet. Es ist der Schrein von Sayyida Zainab bint Ali bin Abi Talib und wird von vielen als einer der wichtigsten islamischen Schreine in Ägypten angesehen.
Es ist nicht genau bekannt, wann die Moschee auf dem Grab von Sayyida Zainab errichtet wurde. Die historischen Referenzen erwähnen nur, dass der osmanische Gouverneur von Ägypten, Ali Pascha, die Moschee 951 n. Chr. / 1547 n. Chr. Renovierte und sie dann erneut renovierte, Prinz Abd al-Rahman Katkhuda 1171 n. Chr. / 1768 n. Chr. Und 1940 n. Chr. Das Ministerium für Awqaf hat die alte Moschee vollständig abgerissen und die bestehende Moschee wieder aufgebaut, sodass die Moschee nicht als islamisches Denkmal registriert ist. Die Moschee bestand damals aus sieben Korridoren parallel zur Qibla-Mauer, in deren Mitte sich ein quadratischer Innenhof befindet, der mit einer Kuppel bedeckt ist, und auf der gegenüberliegenden Seite der Qibla-Mauer befindet sich das Mausoleum von Sayyida Zainab, möge Gott damit zufrieden sein sie, umgeben von einem Messingzaun und überragt von einer hohen Kuppel. 1969 verdoppelte das Ministerium für Awqaf die Fläche der Moschee.
Die Moschee nimmt einen großen Platz im Herzen der Ägypter ein, und viele, insbesondere diejenigen, die in Regionen weit entfernt von Kairo leben, betrachten ihren Besuch als eine Ehre und einen Segen, um den sie zu Gott beten. Die Moschee gilt als Zentrum der Sufi-Orden und ihrer Anhänger. Und jedes Jahr im Monat Rajab wird die Geburt von Sayyida Zainab gefeiert. Tausende von Menschen strömen zum Sayyida Zainab-Platz und es finden Feiern statt, und die Form des Gebiets ändert sich für einige Tage vollständig.
Die Sayyida-Zainab-Moschee wurde in dem Roman „The Qandeel Umm Hashem“ des berühmten ägyptischen Schriftstellers Yahya Haqqi erwähnt. Und „Um Hashem“ ist der Spitzname von Sayyida Zainab bint Ali bin Abi Talib. Der Roman erzählt uns von einem ländlichen jungen Mann, der in jungen Jahren mit seiner ländlichen Familie nach Kairo kam und in der Nähe von Mashhad al-Sayida lebte. Die Achse des Romans dreht sich um die Behandlung von Augenkrankheiten bei den Menschen in der Nachbarschaft, die meisten von ihnen wurden mit Quallenöl behandelt, das in der Szene und über dem Grab der Dame angezündet wurde. Die Erzählung hat viele Bedeutungen, aber sie verdeutlicht den Status dieser Moschee, so dass sie mit Öl gesegnet wurde.