In dieser großen Moschee wurden weiterhin religiöse Rituale abgehalten, und sie wurde bis zum Beginn des sechzehnten Jahrhunderts n. Chr. nicht unterbrochen, da sie sehr groß war und der Staat nicht in der Lage war, Geld dafür auszugeben, was dazu führte, dass sich der Zustand der Moschee verschlechterte und sie zerstört wurde, Während des französischen Feldzugs wurde die Moschee in ein Schloss und eine Kaserne für die Soldaten umgewandelt, und die Moschee war zu dieser Zeit als Sikovsky-Schloss bekannt, und in der Ära von Muhammad Ali wurde die Moschee in ein Lager für eine Sekte und eine Bäckerei für Verpflegung umgewandelt, und danach wurde sie als Seifenfabrik genutzt.
Im Jahr 1812 wurden die Marmorsäulen der Moschee sowie einige ihrer Steine versetzt, um den Portikus von Al-Sharaqwa in der Al-Azhar-Moschee zu errichten, und zwar auf Wunsch von Scheich Al-Sharqawi, wie in dem Buch "Moscheen in Ägypten und ihre rechtschaffenen Wächter" erwähnt. Die britische Besatzung machte aus der Moschee zunächst eine Bäckerei und dann einen Altar, der als "Altar der Engländer" bekannt war und immer noch ist, obwohl das Schlachten seit 1915 eingestellt wurde.
1918 übernahm das Komitee für die Erhaltung arabischer Altertümer die Moschee und ließ einige ihrer Teile, insbesondere den Bereich um die Mihrab, reparieren und restaurieren und machte sie zu einer Kapelle.
Obwohl die Baybars-Moschee, wie oben erwähnt, unter Vernachlässigung und Missbrauch gelitten hat, zieht sie noch immer die Bewunderung der Betrachter durch die Schönheit ihrer Architektur und die Erhabenheit ihrer Gebäude auf sich, die sich auf den ersten Blick in ihrem Denkmaleingang und ihren Stuckinschriften zeigt.